João nasceu na Espanha em 1542. Ainda na infância, ficou órfão de pai. Sua mãe mudou-se então para Medina, onde João trabalhava num hospital de dia e estudava gramática a noite. 
Ainda jovem sentiu-se atraído pela vida religiosa e tornou-se carmelita, indo estudar em Salamanca. Mesmo dedicando-se totalmente aos estudos, encontrava tempo para visitar doentes em hospitais ou em suas casas, prestando serviço como enfermeiro. 
Ordenou-se sacerdote aos vinte e cinco anos. Foi então que a futura Santa Tereza de Ávila cruzou seu caminho. Com autorização para promover, na Espanha, a fundação de conventos reformados, ela atraiu João da Cruz para esse trabalho. Com isso ele passou a trabalhar na reforma do Carmelo, recuperando os princípios e a disciplina. 
Os escritos sobre sua vida dão conta de que abraçou a cruz dos sofrimentos e contrariedades. Conta-se que ele pedia insistentemente três coisas a Deus. Primeiro, dar-lhe forças para trabalhar e sofrer muito. Segundo, não deixá-lo sair desse mundo como superior de uma Ordem ou comunidade. Terceiro, e mais surpreendente, que o deixasse morrer desprezado e humilhado pelos homens. 
Faleceu após uma penosa doença, em 14 de dezembro de 1591, com apenas quarenta e nove anos de idade, na Espanha.